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その他の環境について
 1.root権限のシェルを使用しての環境構築は可能でしょうか?

root権に関しては標準でご利用可能ですので、問題ないと思います。
また以下に関しましても、標準で組み込みしておりますのでご安心ください。

Apache(SSL) mod_ssl
PHP php5
PostgreSQL
メール系 qmail
FTP系 profftpd
SSH